Palírnu Glenkinchie založili bratři George a John Rateové r. 1837 na místě starší palírny Milton. Po bankrotu v r. 1853 palírnu prodali místnímu farmáři, který ji přestavěl na pilu a kravín. Při rostoucím zájmu o whisky v 80. letech 19. stol. byla palírna navrácena k svému původnímu účelu. V r. 1969 se v palírně přestal vyrábět vlastní slad, ale palírna sama je (jako jedna z posledních v Lowlands) v provozu až do současnosti. Současným majitelem palírny je společnost United Distillers and Vintners.